本发明公开了一种萎缩芽孢杆菌菌株Aj080319IA-12,其特征在于,所述菌株分离于野生刺参肠道,保藏于中国典型培养物保藏中心,保藏号为CCTCC M 2010316。本发明所筛选的萎缩芽胞杆菌对海参病原菌有显著的拮抗作用,并且具有提高刺参生长速度、免疫力和肠道消化酶活力的功能。是从海参肠道中筛选的土著菌,对海参安全无毒、繁殖速度快、易于培养、对环境适应能力强,能较快的繁殖形成优势菌。本发明微生物制剂作为饲料添加剂,能提高海参特定生长率、降低海参死亡率、增强海参的免疫能力和肠道的消化酶活力,同时提高海参的抗病力,达到了抗菌、免疫、促生长多重效果,可减少和取代抗生素的使用。