本发明涉及分子生物学,具体的说是一种文蛤巨噬细胞迁移抑制因子基因及其编码蛋白和应用。文蛤巨噬细胞迁移抑制因子基因的cDNA序列为SEQ ID NO.1中核苷酸所示。文蛤巨噬细胞迁移抑制因子的全长cDNA序列804bp,包括一个345bp的开放阅读框,编码114个氨基酸。根据所得序列设计表达引物,扩增全长后经酶切链接到表达载体pET30a中,之后将所得重组质粒转化到大肠杆菌BL21(DE)3中,经过IPTG诱导,然后经过Histrap HP亲和柱纯化后得到重组文蛤巨噬细胞迁移抑制因子蛋白。本发明所获得的文蛤巨噬细胞迁移抑制因子蛋白,具有氧化还原酶活性和互变异构酶活性,在免疫防御方面发挥着重要作用,可以作为贝类生长的免疫增强剂及饲料、食品的添加剂等。