本发明涉及乌鳢性别特异分子标记、基于该分子标记的遗传性别鉴定方法和应用。本发明首次筛选得到的乌鳢性染色体特异分子标记为X和Y染色体部分同源的DNA片段,包括X染色体特异的DNA片段序列为SEQ ID NO.1,Y染色体特异的DNA片段序列为SEQ IDNO.2。基于此差异建立了乌鳢遗传性别PCR鉴定方法,可适用于实验室、养殖场、嘉陵江流域的野生乌鳢、以及白乌鳢的遗传性别鉴定。本发明方法用于乌鳢遗传性别鉴定具有高效、准确和稳定的特点。基于该标记获得了超雄乌鳢YY♂,利用超雄乌鳢YY♂与正常雌鱼XX♀繁殖获得XY♂单性鱼苗。该分子标记在乌鳢性别控制和全雄苗种的规模化生产中具有重要的应用价值,显著提高乌鳢养殖产量。