本发明公开了一种小菜蛾胰蛋白酶Trypsin‑9基因及其应用,所述小菜蛾胰蛋白酶Trypsin‑9基因的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,其氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示。本发明研究表明Trypsin‑9在小菜蛾中肠对Cry1Ac原毒素的活化起着重要的作用,添食Trypsin‑9可以显著提高小菜蛾中肠液Bt Cry1Ac原毒素的活化,小菜蛾死亡率显著升高;而沉默小菜蛾Trypsin‑9基因在中肠中的表达后,会降低了小菜蛾中肠对食物的消化,导致化蛹畸形,表明Trypsin‑9可以作为新型生物防治的分子靶标,用于十字花科蔬菜害虫的防控,具有很好的生物防治潜力和应用前景。