本发明公开了一种猪圆环病毒II型衣壳蛋白基因、表达载体的构建及其蛋白高效表达的方法。本发明的一种经改造后的猪圆环病毒II型衣壳蛋白基因其序列如SEQ ID NO.1所示,本发明同时公开了其蛋白的制备方法,具体涉及猪圆环病毒II型衣壳蛋白基因的改造、基因的克隆及在毕赤酵母中的高效表达、蛋白收获时间及方法、蛋白含量及抗原性检测、扩大培养条件等操作方法的改进等步骤。本发明简单易行,成本较低,实现了猪圆环病毒II型衣壳蛋白在毕赤酵母中稳定高效表达,在试管或摇瓶中表达量大于218mg/L,为猪圆环病毒II型的抗体检测及亚单位疫苗的研制提供了基础。