本发明涉及水稻鉴定领域，特别涉及一种D1型水稻细胞质不育系及其杂交组合的鉴定方法，以碱基序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3所示中的任一种或多种设计引物进行基因扩增鉴定。该鉴定方法是以水稻线粒体基因组遗传变异为基础，先将D1型水稻细胞质不育系的线粒体提取并测序，然后与其他水稻品种进行基因组学分析，筛选出3个特异性强的东野型不育系D1A线粒体特异序列；以该序列设计引物，然后通过分子检测手段，来鉴定是否为D1型水稻细胞质不育系及其杂交组合特异的标记。该鉴定方法能快速、准确、高效、灵敏地检测出D1型水稻细胞质不育系及其杂交组合；并且该鉴定方法操作简便、稳定可靠。
