The present invention provides for modified Flavivirus such as a modified Zika virus. The modification according to various aspects of the invention results in reduced viral proteins compared to a parent virus, wherein the reduction in expression is the result of recoding one or more regions of the virus. For example, the prM, or envelope (E) region, or the nonstructural protein 3 (NS3) region or both the E and NS3 regions can be recoded. In various embodiments one or more regions are recoded by reducing the codon pair bias or codon usage bias of the protein-encoding sequence. These modified Flavivirus are used as vaccine compositions to provide a protective immune response.La présente invention concerne un Flavivirus modifié, tel qu'un virus Zika modifié. La modification selon divers aspects de l'invention conduit à une quantité de protéines virales moindre par rapport au virus parent, la réduction de l'expression étant le résultat du ré-encodage d'une ou de plusieurs régions du virus. Par exemple, la région de la protéine prM ou celle de l'enveloppe (E), ou la région de la protéine non structurale 3 (NS3), ou les deux régions E et NS3 peuvent être ré-encodées. Dans divers modes de réalisation, une ou plusieurs régions sont ré-encodées par diminution du biais des paires de codons ou du biais d'usage des codons de la séquence de codage de la protéine. Ces Flavivirus modifiés sont utilisés en tant que compositions vaccinales pour fournir une réponse immunitaire protectrice.