本发明公开了一种高活性甘薯几丁质酶的制备方法及其在制备植物病原真菌抗菌剂方面的应用,将含有两个核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的甘薯几丁质酶IbChiA基因拷贝数的重组表达载体导入毕赤酵母细胞中,诱导培养,获得高效分泌表达的甘薯几丁质酶;富含上述高活性甘薯几丁质酶的毕赤酵母发酵液上清液具有显著的抗菌活性,可用于抑制植物病原真菌,能防治甘薯黑斑病。本发明优化了甘薯几丁质酶表达工艺,胞外分泌量可达725mg/L,表达量比优化前提高了1.8倍,以胶体几丁质为底物,酶活达到37U/ml,同时提高了对甘薯黑斑病菌孢子萌发和菌丝生长的抑制效果,为该几丁质酶在农业和工业的应用奠定了基础。