The present invention relates generally to pharmaceutical formulations of conjugated oligonucleotides, such as PEGylated aptamers, as well as to methods of preparing and using them. Pharmaceutical formulations have the desired shelf life characteristics under various storage conditions. Provided are oligonucleotide or oligonucleotide conjugate formulations having a shelf life at about 2 to about 30 ° C. of at least about 24 months, or more preferably at least about 36 months, and methods for preparing and using them Is done. In certain embodiments, the formulation has a pH of about 7 or less and contains methionine. In some cases, the low dissolved oxygen content during the manufacturing process is used to improve the desired shelf life characteristics.本発明は一般に、ペグ化アプタマーなど、コンジュゲートオリゴヌクレオチドの医薬製剤に関するほか、これらを調製し使用する方法にも関する。医薬製剤は、様々な保管条件下で、所望の保存寿命の特徴を有する。約2から約30℃における保存寿命が少なくとも約24カ月間または、より好ましくは、少なくとも約36カ月間である、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドコンジュゲートの製剤ならびにそれらを調製および使用するための方法が提供される。特定の実施形態では、製剤は、pHが約7以下であり、メチオニンを含有する。場合によって、製造工程時の低溶存酸素含量は、所望の保存寿命の特徴を改善するのに使用される。