本发明涉及鱼类基因工程技术领域,公开了一种分离的鲤抗病毒蛋白Rhbdd3及其抗病毒活性,鲤抗病毒蛋白Rhbdd3编码基因的核苷酸序列是SEQ ID NO:1中第1‑1050bp所示的序列,其编码的氨基酸序列是SEQ ID NO:2中所示的序列。本发明克隆的Rhbdd3蛋白的表达不仅可以抑制鲤春病毒血症病毒(SVCV)的增殖,而且还可以抑制传染性胰腺坏死病毒(IPNV)的增殖。Rhbdd3蛋白在细胞抵御SVCV及IPNV的感染过程中发挥着重要作用,同时不影响细胞的正常活性。本发明的基因和蛋白为制备抗SVCV和IPNV药物提供了新的靶点,也为鱼类抗病毒新品种的培育提供了重要的技术依据。