The present invention relates to a method and apparatus for removing a significant amount of bacteria from whole blood, serum or plasma (for example, gram-negative bacteria and gram-positive bacteria that do not have affinity for heparan sulfate or have low affinity for heparan sulfate) A method is provided. The method can be used for in vitro treatment involving a high volume flow rate and high fluidity.본 발명은 흡착 매체를 이용하여 전혈, 혈청 또는 혈장으로부터 (예를 들어, 헤파란 설페이트에 대해 친화성을 갖지 않거나 낮은 친화성을 갖는 세균을 포함한 그람 음성 세균 및 그람 양성 세균) 세균의 상당량을 제거하기 위한 방법을 제공한다. 상기 방법은 높은 부피 유속과 높은 선유속을 수반하는 체외 치료에 사용될 수 있다.