Applicants have discovered a multi-layer quality control / quality assurance system that provides higher quality data, without human intervention, by rejecting images that do not achieve a pre-determined quality threshold. In some embodiments of the present invention, there is provided a new method of processing an image from a data set through a pipeline wherein quality control/assurance allows to determine a quality of the image processing, the method comprising receiving a test image pre- processing the test image registering the test image to a reference image calculating a test image quality using a correlation of image intensity values between corresponding locations of the test image and the reference image providing a plurality of training images and calculating training image quality distribution statistics for the training images with respect to the reference image and relating the test image quality to the training image quality distribution.Linvention se rapporte à un système de contrôle de la qualité/dassurance de la qualité multicouche qui fournit des données de meilleure qualité sans intervention humaine, par rejet des images qui natteignent pas un seuil de qualité prédéfini. Dans certains modes de réalisation de la présente invention, un nouveau procédé permet de traiter une image provenant dun ensemble de données grâce à une procédure comprenant un contrôle/une assurance de la qualité qui sert à déterminer la qualité du traitement de limage, et ce procédé consiste : à recevoir une image de test à prétraiter cette image de test à enregistrer ladite image de test par rapport à une image de référence à calculer la qualité de limage de test au moyen de la corrélation des valeurs de lintensité dimage entre des emplacements correspondants de limage de test et de limage de référence à délivrer une pluralité dimages dapprentissage et à calculer des statistiques de distribution de la qualité des images dapprentissage pour les images dapprentissage en fon
