本发明公开了O型口蹄疫病毒变异株及其编码基因和应用。本发明首先分离到一株O型泛亚谱系口蹄疫病毒O/YS/CHA/05株,其核苷酸序列为SEQ ID NO:1所示,其氨基酸序列为SEQ ID NO:2所示。VP1氨基酸序列比对发现本发明毒株有7个变异位点,其中5个变异位点集中在G-H环内。这些位点的突变使本发明病毒变异株具备了逃逸宿主免疫的能力,使其有优势成为主要流行毒株。因此,可利用本发明变异株制备防治该变异株及相关毒株的灭活疫苗,利用本变异株的优势抗原表位制备合成肽疫苗,以及用其研制O型口蹄疫新型疫苗如VLP疫苗等,这对于控制O/YS/CHA/05及相关变异毒株的流行具有重要价值。