本发明公开了一种融合表达菌丝霉素、其制备方法和应用,该重组菌丝霉素的氨基酸序列为SEQ ID NO:1;按照大肠杆菌偏爱密码子设计的核苷酸序列为SEQ ID NO:2。本发明利用原核表达载体构建了能够表达菌丝霉素‑硫氧还蛋白融合蛋白的大肠杆菌BL21(DE3)宿主菌。将该菌株扩增培养,通过异丙基‑β‑D‑硫代半乳糖苷诱导表达,离心收获菌体,裂解菌体后离心收获上清,经过亲和层析纯化获得菌丝霉素融合蛋白,无需通过酶切去除硫氧还蛋白即可以显著抑制革兰氏阳性金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌等的生长。本发明无需通过酶切去除融合蛋白即可有显著的抑菌作用,大大降低了生产成本。