本发明公开了一种分离的CDKL1基因小分子干扰核糖核酸的标靶DNA,其中所述标靶DNA是序列如SEQ ID NO:1,SEQ ID NO:2,SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4中任意一条所示的DNA,还公开了一种抑制CDKL1基因表达的小分子干扰核糖核酸和编码该siRNA的重组载体以及CDKL1基因沉默的细胞系及其应用。本发明提供的siRNA序列既能够特异性抑制CDKL1基因的表达,又可用于制备或筛选抗癌症的药物。本发明所得siRNA对研究CDKL1基因对肿瘤原发性耐药性、肿瘤增殖和迁移的影响机制以及恶性肿瘤的临床非手术治疗具有重要的意义。