The present invention relates to an esterase ELP96 gene derived from soil metagenome and a use thereof, which can be effectively used for various industries by confirming the decomposition of extracellular polysaccharide on plant pathogenic fungi using protein induced from esterase ELP96 genes separated from the present invention and developing a microorganism product for controlling plant pathogenic fungi or plant pathogenic fungus resistant crops using microorganisms secreting the protein.본 발명은 토양 메타게놈 유래의 에스터라제 ELP96 유전자 및 이의 용도에 관한 것으로, 본 발명에서 분리한 에스터라제 ELP96 유전자로부터 유도된 단백질이 식물 병원성 세균의 외피다당류를 분해하는 것을 확인함으로써, 상기 단백질을 분비하는 미생물을 이용하여 효과적인 식물 병원균 저항성 작물 또는 식물 병원균 방제용 미생물 제제를 개발할 수 있게 하므로 산업적으로 매우 유용하게 이용될 수 있다.