本发明公开了从玉米中分离的双向启动子及其应用,属于植物双向启动子的分离和应用领域。本发明从玉米中分离获得核苷酸序列为SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5所示的双向启动子。本发明将SEQ ID NO.1所示序列截短获得SEQ ID NO.7‑12所示的6个启动子缺失片段。本发明进一步公开了含有所述双向启动子的重组植物表达载体以及含有表达载体的重组宿主细胞。功能转化实验证明,本发明所分离的双向启动子以及六个启动子缺失片段能够驱动报告基因GUS和GFP在植物组织中进行双向表达。本发明双向启动子以及启动子缺失片段在构建双价植物表达载体、改良植物性状以及培育植物新品种等方面应用广泛。