本发明提供了一种多粘类芽孢杆菌,其保藏号为CCTCC M 2015298,命名为多粘类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa)WK-3,并进一步提供了多粘类芽孢杆菌WK-3的筛选方法及在抑制水稻纹枯病菌、西瓜枯萎病菌、核桃根腐病菌中的应用,以及一种多粘类芽孢杆菌WK-3菌剂。多粘类芽孢杆菌WK-3是一株水稻内生菌株,对人、畜、农作物安全,对环境友好,具有较广的抑菌谱,对常见的土传病原菌,如水稻纹枯病菌、西瓜枯萎病菌、核桃根腐病菌等菌丝生长均具有较好的抑菌作用,抑菌率分别达到85.4%、81.8%、73.9%以上,对水稻纹枯病菌菌丝生长具有明显的抑制作用,造成菌丝畸形,进一步制备成的菌剂对水稻纹枯病具有显著的防治效果,生产周期短,在植物病害的生物防治中具有十分广阔的应用前景。