本发明公开了一种猪呼吸系统疾病抗病育种方法及其专用试剂盒。本发明提供的方法是检测待测猪的GenBank Accession Number DQ985806的自5′末端第2848位脱氧核糖核苷酸是G还是A,确定待测猪的基因型是GG、GA还是AA,采用GG基因型的猪进行育种。所述确定待测猪的基因型的方法为单链构象多态性分析。应用本发明的方法可大大降低分子育种花费,有效降低实际生产中的猪呼吸系统疾病发病率问题,降低饲养成本,提高经济效益。本发明的方法操作简单、费用低廉、检测时间短、准确度高、可实现自动化检测,将在猪育种中发挥巨大作用。