本发明公开了一种准确鉴定洋葱S/N细胞质基因型的双显性标记及其应用。双显性标记中S型细胞质的特异片段长为232bp,N型细胞质的特异性片段长为196bp,本发明还公开了所述SCAR标记引物SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6。利用得到的SCAR分子标记对洋葱材料的细胞质类型进行快速准确的判断,不仅避免了实验操作失误和无效的PCR扩增而导致的细胞质基因型的错误分类,而且在大的群体中选择保持系时,可以混合群体样品提取DNA进行初步筛选有无保持系单株,大大提高了选择效率,节约了时间和成本,对于洋葱选育不育系和保持系配套,选育洋葱杂交种具有重要意义。