本发明公开了一种莲子草假隔链格孢致病基因Unigene0007998及其应用,属于有害生物治理技术领域。本发明公开一种莲子草假隔链格孢的致病基因Unigene0007998,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。所述的莲子草假隔链格孢致病基因Unigene0007998编码的蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.9所示。本发明实验结果显示:该基因的超表达载体转化至弱致病力菌株中会导致其致病力显著增强,且超表达转化子接种后空心莲子草叶片有明显黄化坏死的现象,可见Unigene0007998基因的超表达转化子能显著防治空心莲子草,为有害生物空心莲子草的治理提供一条安全有效的生物防治途径。