本发明公开了一种鉴定定位于白菜A03染色体的根肿病抗性QTL的InDel分子标记及其应用。本发明提供了鉴别或辅助鉴别大白菜是否为抗根肿病大白菜的方法,包括以待鉴别大白菜的基因组DNA为模板,以SEQ ID No.2所示的单链DNA为正向引物,SEQ ID No.3所示的单链DNA为反向引物,进行扩增,检测扩增产物的大小,根据扩增产物的大小按照下述方法确定所述待鉴别大白菜是否为抗根肿病大白菜:如果所述待鉴别大白菜的扩增产物中含有大小为201bp的条带,所述待鉴别大白菜为抗根肿病大白菜或候选抗根肿病大白菜;如果所述待鉴别大白菜的扩增产物中不含有大小为201bp的条带,所述待鉴别大白菜为非抗根肿病大白菜或非候选抗根肿病大白菜。