The present invention relates to a method and a system for determining spinal diseases using an inertial sensor. The method of the present invention includes: a process of receiving motion data per joint sensed through the inertia sensor attached to a plurality of joints which are previously established, if a previously established joint-based data acquisition mode for spinal disease self diagnosis is executed; a process of initializing and displaying quaternion data per joint using a previously established algorithm; a process of acquiring and storing the motion data per joint through the inertia sensor in response to a motion data acquisition request signal per joint, and displaying the stored data in real time; and a process of judging a normal posture or an abnormal posture by analyzing the motion data per joint stored in the data acquisition mode, if the previously established joint-based data analysis mode for spinal disease self diagnosis is executed.본 발명은 척추질환 자가진단을 위한 기설정된 관절 기반 데이터 취득 모드가 실행되면, 상기 기설정된 복수의 관절에 부착된 관성센서를 통해 센싱된 각 관절별 모션 데이터를 수신하는 과정과, 수신된 상기 각 관절별 쿼터니언(quaternion)데이터를 기설정된 알고리즘을 이용하여 초기화하여 표시하는 과정과, 상기 각 관절별 모션 데이터 취득 요청신호에 응답하여 관성센서를 통해 각 관절별 모션 데이터를 취득하여 저장하고, 저장된 데이터를 실시간으로 표시하는 과정과, 척추질환 자가진단을 위한 기설정된 관절 기반 데이터 분석 모드가 실행되면, 상기 데이터 취득 모드에서 저장된 각 관절별 모션 데이터를 분석하여 정상 혹은 비정상 자세를 판단하는 과정을 포함함을 특징으로 한다.