本发明公开了蛋白GmMYB12及编码基因在提高大豆异黄酮积累和耐盐性中的应用。本发明提供一种蛋白,是如下(a)或(b):(a)由SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列组成的蛋白质;(b)将SEQ ID NO.2所示的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与植物抗逆性相关的由序列SEQ ID NO.2衍生的蛋白质。本发明的实验证明,将所述蛋白的编码基因导入大豆中,转基因大豆中异黄酮含量显著提高,同时提高转基因大豆植株的耐盐性。本发明的蛋白及其编码基因对培育高异黄酮和耐盐性增强大豆品种具有重要的应用价值;本发明将在农业领域具有广阔的应用空间和市场前景。