본 발명은 활성이 증가한 SepRS(-phosphoseryl-tRNA synthetase) 변이체 및 EF-Tu변이체를 이용하여 인산화된 단백질을 제조하는 방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는, 목적 단백질이나 폴리펩티드의 mRNA에서 최소한 하나의 코돈을 인식하는 tRNA과 분자진화기법을 통해 선별된 tRNA에 포스포세린(phosphoserine, Sep)을 아미노아실화 시키는데 특화된-포스포세릴-tRNA 합성효소(-phosphoseryl-tRNA synthetase, SepRS) 변이체 및 tRNA과 SepRS 복합체를 탈아실화로부터 보호해주는 EF-Tu 변이체를 이용하여, 특정 위치에 포스포세린을 함입하여 인산화 단백질을 제조하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, SepRS 및 EF-Tu 변이체를 이용하여 인산화 단백질을 L 당 mg 수율로 생산할 수 있어, 인산화효소를 포함한 다양한 인산화단백질의 생산, 항체 생산, 단백질 칩의 제조, 신약 개발을 위한 세포 기반 스크리