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基于转录组测序开发绿豆SSR引物的方法
- 专利权人:
- 中国农业科学院作物科学研究所
- 发明人:
- 陈红霖,程须珍,王素华,王丽侠
- 申请号：
- CN201310629710.6
- 公开号：
- CN103642912B
- 申请日:
- 2013.11.29
- 申请国别(地区):
- 中国
- 年份:
- 2015
- 代理人:
- 王文君
- 摘要：
- 本发明提供一种基于转录组测序开发绿豆SSR引物的方法，包括：获得绿豆全基因组转录本的集合，形成序列数据库；用Trinity将测序序列拼接成一个转录组，取每条基因中最长的转录本作为Unigene；Unigene序列生物信息学分析；采用MISA1.0对Unigene进行SSR检测；用Primer3进行SSR引物设计，并进行SSR引物多态性鉴定。应用本方法成功设计了13134对SSR引物，从中随机选取50对引物对来源于不同国家共8份绿豆DNA进行验证，其中多态引物共有32对，利用这32对SSR引物可以区分不同地理来源的绿豆材料。本发明方法方便、快捷、准确且成本低廉，为绿豆SSR引物开发提供了新思路。
- 来源网站：
- 中国工程科技知识中心
- 来源网址：
- http://www.ckcest.cn/home/
