According to one aspect of the present invention, there can be provided a method of manufacturing a hydrogel drug delivery system, comprising the steps of preparing a drug-containing hydrogel and forming a multilayer thin film on a surface of a hydrogel by layer self-assembly.본 발명의 일 측면으로써, 약물을 포함하는 하이드로젤을 제조하는 단계 및 하이드로젤 표면에 층상자기조립법으로 다층 박막을 형성하는 단계를 포함하는, 하이드로젤계 약물 전달 시스템의 제조방법이 제공될 수 있다.