The present invention relates to a sample of stool flora for use in preventing and / or treating infectious or non-infectious complications resulting from allogeneic hematopoietic stem cell (HSC) transplantation, or for treating cancer in a recipient patient. Here, the sample of the fecal flora and the sample of the hematopoietic stem cells or the sample of the fecal flora derived from the donor subject are administered before HSC transplantation.本発明は、同種異系造血幹細胞(HSC)移植に起因する感染性又は非感染性合併症の予防及び/又は治療、又は受領患者における癌の治療に使用するための便細菌叢のサンプルに関し、ここで、前記ドナー対象に由来する前記便細菌叢のサンプル及び前記造血幹細胞、又は前記便細菌叢のサンプルは、HSC移植の前に投与される。