本发明属于微卫星分子标记领域,具体涉及一种达氏鲟微卫星标记及其筛选方法和应用,其具有SEQ ID No.1‑8中任意一条或多条的核苷酸序列;本发明利用高通量测序技术对达氏鲟进行微卫星分子标记的开发不仅比传统方法更为快捷,花费更少,而且在获得微卫星位点的同时可以查找对应EST序列的功能性状,与基因关联性较强。本发明开发出的微卫星位点,不仅为达氏鲟的遗传多样性提供了基础数据,也可进行遗传多样性分析、遗传图谱的构建、基因定位、品种鉴定、种质保存、数量性状基因的分析、亲子关系鉴定等研究领域。根据实际需要,可以采用本发明公开的任意一种或多种标记,或与相关标记对应的任意一对或多对特异性引物进行分析研究。