本发明公开了梅花垂枝性状SNP分子标记及其应用,具体包括分子标记Marker301243和/或Marker311414,其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。本发明利用SLAF‑seq技术开发获得2个梅花垂枝性状SNP分子标记Marker301243和Marker311414,并提供了其序列扩增引物和等位特异性PCR引物。所述分子标记Marker301243和/或Marker311414及其引物在鉴定梅花品种时,具有较高的准确性、稳定性且重复性好。将其用于分子辅助选择育种,可实现苗期提早选择,快速鉴定梅花垂枝性状,减少工作量,大大缩短梅花育种时间。