A medical guiding system and method based on 2D fluoroscopic image and 3D CT image registration is disclosed. According to an embodiment of the present invention, there is provided a method of guiding the image matching-based therapy, comprising: obtaining a two-dimensional fluoroscopic image and a three-dimensional CT image for each of a plurality of breaths for a predetermined ROI of a patient; Extracting feature points for each of the obtained three-dimensional CT images; Forming a 4-dimensional CT image by matching the 3-dimensional CT images using the extracted feature points; Selecting a two-dimensional projection image most similar to the two-dimensional fluoroscopic image through matching of two-dimensional projection images of the formed four-dimensional CT image with the two-dimensional fluoroscopic image; And providing information about a guiding target of the ROI based on the selected two-dimensional projection image.2D 형광 투시 영상과 3D CT 영상 정합 기반의 치료 가이딩 시스템 및 방법이 개시된다. 본 발명의 일 실시예에 따른 영상 정합 기반의 치료 가이딩 방법은 환자의 미리 설정된 관심 영역(ROI)에 대한 2차원 형광 투시 영상과 복수의 호흡들 각각에 대한 3차원 CT 영상을 획득하는 단계; 상기 획득된 3차원 CT 영상들 각각에 대한 특징점을 추출하는 단계; 상기 추출된 특징점을 이용한 상기 3차원 CT 영상들 간의 정합을 통해 4차원 CT 영상을 형성하는 단계; 상기 형성된 4차원 CT 영상에 대한 2차원 투영(projection) 영상들과 상기 2차원 형광 투시 영상의 정합을 통해 상기 2차원 형광 투시 영상과 가장 유사한 2차원 투영 영상을 선택하는 단계; 및 상기 선택된 2차원 투영 영상에 기초하여 상기 관심 영역의 가이딩 대상에 대한 정보를 제공하는 단계를 포함한다.