A portable seedlings disinfection device is provided. A portable seedlings disinfecting apparatus according to an embodiment of the present invention includes: a main body having a hollow shape filled with a certain amount of disinfectant for disinfecting roots of seedlings; A cover for covering an opened upper portion of the main body, a plurality of mounting holes for passing roots of the seedlings into the inner space side; And fixing means arranged on the lower side of the mounting hole so as to fix the middle of the length of the seedlings put into the mounting hole.휴대용 묘목 소독장치가 제공된다. 본 발명의 일 실시예에 따른 휴대용 묘목 소독장치는 내부공간에 묘목의 뿌리를 소독하기 위한 소독액이 일정량 채워지는 함체형상의 본체; 상기 묘목의 뿌리를 내부공간 측으로 투입하기 위한 복수 개의 거치공이 관통형성되고, 상기 본체의 개방된 상부를 덮는 덮개; 및 상기 거치공으로 투입된 묘목의 길이 중간을 고정할 수 있도록 상기 거치공의 하부측에 배치되는 고정수단;을 포함한다.