本发明公开了一株鸭源H4N6亚型禽流感病毒毒株及其应用。所述的病毒毒株的保藏号为CGMCC NO.7606。该病毒株为鸭源H4N6亚型禽流感病毒,含有CDS序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.8所示的8个片段,分别对应于PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M和NS。本发明对该病毒株进行了全基因组序列测定,并将其信息用于研究禽流感病毒的检测、分布、流行规律以及控制禽流感的流行和蔓延。本发明的病毒株补充了我国H4N6亚型禽流感病毒的极有价值的遗传信息,为H4N6亚型禽流感病毒的分子进化和流行病学研究提供了宝贵资料,还能用于制备H4N6亚型禽流感病毒感染的快速诊断试剂和疫苗研究。