本发明公开了大豆GDPD蛋白编码基因GmGDPD1及其应用。大豆GDPD蛋白编码基因GmGDPD1,其核苷酸序列为:SEQ ID NO.1。将构建的植物过量表达载体pMDC83‑GmGDPD1在拟南芥的野生型和敲除AtGDPD1的突变体atgdpd1中进行异源表达,发现过表达的植株侧根数目明显增多,而突变体也可恢复性状,并且侧根数目多于野生型对照组,表明该基因可以作为目的基因导入植物,通过提高植物侧根数目,提高转基因植物的综合抗逆性。可见,本发明所述的大豆GDPD蛋白编码基因GmGDPD1可在通过基因工程提高植物侧根数目,进而增强转基因植物综合抗逆性方面应用。