The present invention relates to a mitochondria-selective drug delivery carrier obtained by binding a mitochondria targeting sequence, targeting mitochondria, to cationic oligopeptides which can increase permeability and an absorption rate of a cell membrane. More particularly, a drug delivery carrier can selectively target mitochondria through a mitochondria targeting sequence, which targets mitochondria. Permeability of a mitochondria cell membrane and capability of a drug to be absorbed into a cell are increased by increasing amphiphilic properties of the cationic oligopeptides consisting of histidine and arginine bound to the mitochondria targeting sequence. Therefore, the mitochondria-selective drug delivery carrier can safely and effectively deliver a drug to mitochondria and thus can be used to treat mitochondria-related diseases and to develop agents for treating mitochondria-related diseases.본 발명은 미토콘드리아를 표적하는 미토콘드리아 타겟팅 시퀀스와 세포막 투과성 및 흡수율을 증가시킬 수 있는 양이온성 올리고 펩타이드를 결합시켜 미토콘드리아 선택적 약물전달용 담체에 관한 것으로, 보다 상세하게는 미토콘드리아를 표적하는 미토콘드리아 타겟팅 시퀀스를 통하여 약물전달용 담체가 선택적으로 미토콘드리아를 표적화할 수 있으며, 미토콘드리아 타겟팅 시퀀스에 결합된 히스티딘 및 아르기닌으로 구성된 양이온성 올리고 펩타이드는 양친매성을 증가시켜 미토콘드리아 세포막의 투과성 및 약물의 세포내 흡수력을 증가시킴으로써, 안전하고 효과적으로 미토콘드리아에 약물을 전달할 수 있으므로, 미토콘드리아 질환 치료 및 치료제 개발에 이용될 수 있다.