The present invention relates to a method for preparing a pharmaceutical composition comprising a protein active ingredient and having a reduced amount of protein aggregates, the said method comprising performing a step of nanofiltration of a starting composition comprising the said protein active ingredient in a solubilized form, whereby the said pharmaceutical composition is obtained.La présente invention concerne un procédé de préparation d'une composition pharmaceutique contenant un principe actif de nature protéique et caractérisée par une quantité réduite d'agrégats de protéines, ledit procédé impliquant la mise en œuvre d'une étape de nanofiltration d'une composition de départ contenant ledit principe actif de nature protéique sous forme solubilisée pour obtenir ladite composition pharmaceutique.