A system for quantifying fluorescence elicited on a substance or sample. The system has an excitation light source configured to direct light to an waveguide network. The network has a probe tip adapted to transmit excitation light to the sample and receive fluorescence light elicited from the sample. A detector is configured to receive fluorescence light from the waveguide network and output a signal corresponding to the fluorescence light power, and a control system including a memory component configured to store signal to noise ratio threshold values.La présente invention concerne un système de quantification de la fluorescence obtenue sur une substance ou un échantillon. Le système comporte une source de lumière d'excitation conçue pour diriger la lumière vers un réseau de guide d'ondes. Le réseau comporte une pointe de sonde conçue pour transmettre la lumière d'excitation vers l'échantillon et recevoir une lumière de fluorescence obtenue à partir de l'échantillon. Un détecteur est conçu pour recevoir une lumière de fluorescence à partir du réseau de guide d'ondes et produire en sortie un signal correspondant à la puissance de lumière de fluorescence et un système de commande comprend un composant de mémoire configuré pour mémoriser des valeurs de seuil de rapport signal sur bruit. Le système de commande est conçu pour effectuer les étapes d'enregistrement d'une mesure de puissance de bruit d'arrière-plan optique, de transmission d'une lumière d'excitation à l'échantillon pendant une première période, d'enregistrement d'une ou plusieurs mesures de puissance de fluorescence optique pendant la transmission de la lumière d'excitation, de détermination d'un rapport signal sur bruit à partir d'une ou de plusieurs des mesures de puissance enregistrées, de comparaison du rapport signal sur bruit avec une valeur de seuil mémorisée dans le composant de mémoire et de détermination d'une mesure de quantification de fluorescence à partir de la ou des mesures de puissance d