本发明公开了一种耐甲氧西林金黄色葡萄球菌铁离子表面决定蛋白IsdB的活性片段IsdB2重组蛋白,其氨基酸序列为SEQ ID No:3或在SEQID NO:3的氨基端和/或羧基端添加或缺失若干个氨基酸后得到的与SEQID NO:3具有相同或相似功能的序列。本发明还公开了构建所述重组蛋白的表达载体、转化宿主菌而制备该重组蛋白的方法,以及所述重组蛋白在制备抗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的亚单位疫苗以及相关检测试剂盒中的用途。本发明采用基因工程技术克隆表达此截短的保护性抗原成分IsdB2蛋白,表达量高,便于分离纯化,而且高效安全。所述基因工程重组多价疫苗具有良好的抗MRSA感染的免疫保护效果。