本发明公开了一种优化后的猪圆环病毒3型衣壳蛋白基因及其在制备病毒样颗粒中的应用。本发明经优化后的猪圆环病毒3型衣壳蛋白全长基因如SEQ ID NO.1所示,该序列是针对大肠杆菌表达系统进行的部分优化。与密码子全部优化或不优化相比,该序列能够高水平表达重组蛋白,并能够组装成完整的病毒样颗粒。本发明还公开了制备病毒样颗粒的方法,涉及猪圆环病毒3型衣壳蛋白基因的优化、基因的克隆及其在大肠杆菌中表达,以及重组蛋白的纯化及病毒样颗粒的制备。本发明简单易行,成本较低,实现了猪圆环病毒3型衣壳蛋白在大肠杆菌中稳定表达,表达的重组衣壳蛋白可自组装形成病毒样颗粒,为猪圆环病毒3型的抗体检测及亚单位疫苗的研制提供了技术手段。