The present invention relates to the treatment of mucosal lesions in the gastrointestinal tract. Specifically, methods and pharmaceutical compositions are provided for the treatment of a mucosal lesion associated with a disorder of the gastrointestinal tract. The methods comprise administering to a subject an effective amount of an agent which decreases expression and/or activity of Flightless I in the subject. Treatment of disorders such as inflammatory bowel disease (including ulcerative colitis and Crohn's disease), coeliac disease, peptic ulcer disease, and regional ileitis are contemplated. Methods and associated kits for diagnosing a disorder of the gastrointestinal tract or for assessing the progression of a disorder of the gastrointestinal tract in a subject are also provided.La présente invention concerne le traitement de lésions des muqueuses dans le tractus gastro-intestinal. Plus particulièrement, l'invention concerne des procédés et des compositions pharmaceutiques pour le traitement d'une lésion des muqueuses associée à un trouble du tractus gastro-intestinal. Les procédés comprennent l'administration à un sujet d'une quantité efficace d'un agent qui diminue l'expression et/ou l'activité de la Flightless I chez le sujet. Le traitement de troubles tels que la maladie intestinale inflammatoire (y compris la recto-colite hémorragique et la maladie de Crohn), la maladie cœliaque, la maladie d'ulcère gastroduodénal et l'iléite régionale est envisagé. L'invention concerne également des procédés et des kits associés pour diagnostiquer un trouble du tractus gastro-intestinal ou pour évaluer l'évolution d'un trouble du tractus gastro-intestinal chez un sujet.