The method of classifying the dissociation state of a skull includes deriving a CMP (class membership probability) value for a two-dimensional morphological feature, deriving a CMP value for the morphological feature, deriving a CMP value for the three- Classifying the state of the skull deformity by comparing the CMP value for the two-dimensional shape characteristic, the CMP value for the three-dimensional shape characteristic, and the CMP value for the three-dimensional phase characteristic, And comparing the CMP value for the three-dimensional shape characteristic and the CMP value for the three-dimensional phase characteristic to further classify the state of the skull deformity.두개골의 이형 상태 분류방법은 2차원 형태 특성에 대한 CMP(class membership probability)값을 도출하는 단계, 3차원 형태 특성에 대한 CMP값을 도출하는 단계, 3차원 위상 특성에 대한 CMP값을 도출하는 단계, 상기 2차원 형태 특성에 대한 CMP값, 상기 3차원 형태 특성에 대한 CMP값 및 상기 3차원 위상 특성에 대한 CMP값을 비교하여 두개골 이형의 상태를 분류하는 단계, 및 상기 두개골 이형의 상태에 따라, 상기 3차원 형태 특성에 대한 CMP값 및 상기 3차원 위상 특성에 대한 CMP값을 비교하여 두개골 이형의 상태를 추가로 분류하는 단계를 포함한다.