本发明属于植物基因工程技术领域。公开了分离克隆的调控水稻千粒重、粒长和每穗颖花数的多效性基因GDS7,以及它的等位基因(GDS7-C7)的DNA序列,该多效性基因的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,该多效性基因的等位基因的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:4所示。在水稻南洋占品种和川7品种中,对GDS7相应的基因组比较测序,发现两品种间存在2个碱基差异,其中1个位于启动子区;另外1个位于编码区,导致1个氨基酸变化。利用转基因技术获得了转GDS7基因的水稻植株,转基因植株都表现出比对照千粒重、粒长显著提高和每穗颖花数显著下降。这些性状变化与GDS7近等基因系两基因型的表现非常吻合。