本发明公开了一种樱桃品种的鉴定方法,属于樱桃品种的分子鉴定领域。本发明首先公开了用于樱桃品种鉴定的11对SSR引物,其核苷酸序列分别为SEQ ID No.1‑SEQ ID No.22所示。本发明进一步从所述11对SSR引物中筛选核心引物组合,实现5个核心引物组合即能够完全区分87份樱桃种质,且所获引物组合具有多态性高、扩增稳定、重复性好、电泳条带清晰等优点。本发明还公开了一种基于S基因型信息和SSR引物组合的樱桃品种鉴定方法以及试剂盒。利用本发明所述的引物对能够快速、准确的完成对樱桃不同品种的鉴定。本发明所述SSR引物对、樱桃品种鉴定方法和试剂盒,能够应用于樱桃种质评价、创新、育种亲本选择等。