The present invention relates to methods of diagnosing inflammatory bowel disease (IBD) in an individual by determining the presence of at least one risk genetic variant and/or at least one risk serological marker. In one embodiment, the presence of at least one risk genetic variant is indicative of granuloma. In another embodiment, the presence of at least one risk genetic variant is indicative of low bone density (LBD).本発明は、少なくとも1つのリスク遺伝的バリアントおよび/または少なくとも1つのリスク血清学的マーカーの存在を決定することによって、個体において炎症性腸疾患(IBD)を診断する方法に関する。一実施形態では、少なくとも1つのリスク遺伝的バリアントの存在は、肉芽腫を示す。別の実施形態では、少なくとも1つのリスク遺伝的バリアントの存在は、低骨密度(LBD)を示す。例えば、この少なくとも1つのリスク遺伝的バリアントは、TGFb3、FTO、NPAS2、MUC1、IL10、LRAP、LRRK2、TNFSF15もしくはチトクロムP-450クラスターの遺伝子座、またはそれらの組合せに存在してもよい。