本发明公开了一种与梨果实种子数量主效QTL位点的SNP标记引物及其应用。梨果实种子数量主效QTL位点qSeeds的SNP标记Pyd14_051,正向引物序列如SEQ ID NO.1所示,反向引物序列如SEQ ID NO.2所示。利用该特异引物基于高分辨率溶解曲线鉴定梨果实种子数量的特异标记,该特异引物可对种子数量进行良好分型,即检测QTL位点qSeeds上的多态性表达种子数量的差异。本发明提供的梨果实种子数量主效QTL位点SNP标记可用于梨果实种子数量的分子标记辅助选择育种,对于加快梨品种的遗传改良进程,提高育种选择效率具有重要的理论和实践指导意义。