A pharmaceutical composition for use in the treatment or prevention of an injury caused by ischemia includes a mitochondrial injury inhibitor, an anti-inflammatory agent, and biocompatible particles enclosing both or each of the mitochondrial injury inhibitor and the anti-inflammatory agent. The biocompatible particle may include a polyethylene glycol-modified body such as a polylactide glycolide copolymer having a number average particle diameter of 2.5 to 1000 nm.허혈에 기인하는 장해의 치료 또는 예방에 사용하기 위한 의약 조성물은, 미토콘드리아 상해 저해제와, 항염증제와, 상기 미토콘드리아 상해 저해제 및 상기 항염증제의 양쪽 또는 각각을 봉입하는 생체적합성 입자를 포함한다. 상기 생체적합성 입자는, 개수 평균 입자 직경이 2.5 내지 1000㎚인 폴리락타이드 글리콜라이드 공중합체 등 그의 폴리에틸렌 글라이콜 수식체를 포함하는 것이어도 된다.