The present invention relates to a sterilization system having an independent pump module and a sterilization method thereof. More particularly, the present invention relates to a sterilization system, wherein the independent pump module can be connected to a plurality of chamber modules according to the required sterilization capacity; and a sterilization method thereof. In particular, disclosed is a technology having the advantage of reducing the area occupied by the entire facility when connecting the plurality of chamber modules as the chamber module including the sterilization chamber is configured without a vacuum pump, and the vacuum pump is configured as an independent module.본 발명은 독립형 펌프모듈을 갖는 멸균 시스템 및 이의 멸균방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 독립형 펌프모듈이 요구되는 멸균용량에 따라 다수의 챔버모듈과 연결될 수 있도록 구성될 수 있는 특징을 갖춘 멸균 시스템 및 이의 멸균방법에 관한 것이다. 특히, 멸균 챔버를 포함하는 챔버모듈을 진공 펌프 없이 구성하고, 진공 펌프를 독립형 모듈로서 구성함에 따라 복수의 챔버모듈을 연결하여 사용할 때 전체 시설의 차이하는 면적이 적어지는 장점을 가진 기술을 개시한다.