本发明涉及一种用于鱼类群落结构研究的环境DNA鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤(1)：根据鱼类群落所在水域的大小，采集水样；步骤(2)：将水样进行处理后，提取其中的总环境DNA；步骤(3)：将总环境DNA采用核苷酸序列为SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的16s rDNA序列作为通用引物进行PCR扩增，得到PCR产物；步骤(4)：将PCR产物进行凝胶电泳，得到带有DNA的凝胶；步骤(5)：将带有DNA的凝胶进行切胶克隆测序后通过GENBANK进行blast比对，以确定DNA是否为鱼类序列；步骤(6)：确定DNA为鱼类序列后，采用二代测序技术对PCR产物的组成情况进行大规模分析，以确定环境中DNA的鱼群的组成和鱼类的群落结构。采用该方法十分简便高效，具有实用价值。
