水稻全基因组假基因数据库构建方法
- 专利权人:
- 浙江大学
- 发明人:
- 薛庆中,黄志华,张忠华
- 申请号：
- CN200510050764.2
- 公开号：
- CN1733915A
- 申请日:
- 2005.07.19
- 申请国别(地区):
- 中国
- 年份:
- 2006
- 代理人:
- 唐银益
- 摘要：
- 本发明公开了一种基因序列数据处理方法，特别涉及水稻全基因组假基因数据库构建方法。包括将计算机系统中构建已知水稻全基因组序列的本地数据库；利用BLAST程序对前述数据库进行搜索比对，获取标准BLAST格式的比对结果；使用Bioperl中的SeqIO模块分析比对结果，获取记录假基因和基因特征值数据的信息文件；去除冗余的假基因和基因数据；对假基因的筛选和分类；和以假基因对应的特征值作为数据项标识建立假基因的数据库。利用本发明提供的方法，可以对水稻乃至其他植物的假基因进行全基因组范围的搜索和分析，为研究和探索作物遗传、变异、进化提供分子证据。
- 来源网站：
- 中国工程科技知识中心
