本发明涉及玉米中一个新高赖氨酸基因的分子标记及其应用,该分子标记是InDel分子标记——4.9和5.7,均可通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测,见SEQ ID NO:1所示的碱基序列。利用这个与5512G基因完全连锁的分子标记能对玉米任何时期和任何组织的DNA进行基因型鉴定,检测杂交育种子代各单株中5512G基因的存在与否以及杂合或纯合状态。同时,利用这个分子标记能区分突变体与22种国内主要育种亲本,能够在任何育种背景群体中准确检测到5512G基因的存在。这种检测方法的准确性高,操作简单,为利用5512G基因的DNA分子标记辅助育种提供重要的技术手段。